Bioimage Informatics

NUMMER: 190800
KÜRZEL: BioImInf
MODULBEAUFTRAGTE:R: Prof. Dr. Axel Mosig
DOZENT:IN: Prof. Dr. Axel Mosig
FAKULTÄT: Fakultät für Biologie
SPRACHE: Deutsch
SWS: 4 SWS
CREDITS: 5 CP
WORKLOAD: 150 h
ANGEBOTEN IM: jedes Wintersemester

BESTANDTEILE UND VERANSTALTUNGSART

a) Vorlesung Bioimage Informatics
(190800)
b) Übung

PRÜFUNGEN

FORM: mündlich
ANMELDUNG:
DATUM: 0000-00-00
BEGINN: 00:00:00
DAUER:
RAUM:

LERNFORM

LERNZIELE

Die Studierenden sollen elementare und aktuelle Techniken der Bildverarbeitung kennenlernen,
die zur Analyse mikroskopischer Bilddaten verwendet werden. Sie sollen die dahinterliegenden
algorithmischen, mathematischen und statistischen Ideen verstehen, und lernen in
der Praxis, wie diese Methoden auf reale Daten und Fragestellungen angewendet werden.

INHALT

Die Analyse von mikroskopischen Bilddaten mit Methoden der Bildverarbeitung ist in den
vergangenen Jahren ein wichtiges Thema in vielen Anwendungen in den Lebenswissenschaften
geworden. In der Vorlesung werden grundlegende Konzepte der Verarbeitung mikroskopischer
Bilddaten und deren Anwendungen behandelt. Die Vorlesung gliedert sich wie folgt:
∙ Grundlagen der Mikroskopie: Durchlicht- und Konfokalmikroskopie; Fluoreszenzmikroskopie;
Mikroskopie in der Histopathologie; Mikroskopie in der Zellbiologie; Mikroskopie
in der Neurobiologie
∙ Morphologische Bildanalyse
∙ Texturelle Bildanalyse
∙ Kolokalisations-Verfahren
∙ Algorithmen zur Bildregistrierung
∙ Algorithmen zum Verfolgen von Bewegungsmustern von Zellen (“Cell Tracking”)
∙ Verfahren zur Rekonstruktion von Neuronen (“Neuron Tracing”)
∙ Deep Learning Methoden zur mikroskopischen Bilddatenanalyse
∙ Methoden der Analyse von markerfreien Mikroskopie-Daten
∙ Methoden zur überwachten und unüberwachten Segmentierung von mikroskopischen
Bildern

VORAUSSETZUNGEN

Keine

VORAUSSETZUNGEN CREDITS

Bestandene mündliche Prüfung

EMPFOHLENE VORKENNTNISSE

Grundlegende Programmierkenntnisse

LITERATUR

AKTUELLE INFORMATIONEN

SONSTIGE INFORMATIONEN

Weitere Informationen unter http://www.bioinf.rub.de/msc/