Master-Praktikum Big Data in der Bioinformatik

NUMMER: 202621
KÜRZEL: MPBigData
MODULBEAUFTRAGTE:R: Prof. Dr. Sven Rahmann
DOZENT:IN: Prof. Dr. Axel Mosig
FAKULTÄT: Fakultät für Biologie
SPRACHE: Deutsch oder Englisch
SWS: 4 SWS
CREDITS: 5 CP
WORKLOAD: 150 h
ANGEBOTEN IM: jedes Semester

BESTANDTEILE UND VERANSTALTUNGSART

a) Praktikum (202621)

PRÜFUNGEN

FORM: Semesterbegleitend; Praktische Prüfung: Protokoll, Dokumentation der praktischen
Aufgabe
ANMELDUNG:
DATUM: 0000-00-00
BEGINN: 00:00:00
DAUER:
RAUM:

LERNFORM

Einführung als seminaristischer Unterricht, Bearbeitung der praktischen Aufgabe selbständig
oder als Gruppenarbeit

LERNZIELE

Nach dem erfolgreichen Abschluss des Moduls
∙ können Studierende praktischen Herausforderungen bei der Entwicklung von
Bioinformatik-Anwendungen begegnen,
∙ haben die Studierenden Programmier-Bibliotheken aus dem Bereich Bioinformatik kennen
gelernt
∙ haben Studierenden die Verwendung von Workflow-Systemen eingeübt
∙ haben Studierende die Mechanismen von Code- und Programm-Dokumentation eingeübt
∙ haben Studierende Verfahren zur Bereitstellung eigener Libraries (z. B. R-Pakete, .jar-
Files) angewendet

Vermittelte Kompetenzen:
Fachspezifische Kompetenzen:
∙ Programmieren von Lösungen für bioinformatische Anwendungen
∙ Umgang mit Standard-Werkzeugen / -Formaten und Programmier-Bibliotheken der
Bioinformatik
∙ Umgang mit größeren Datenmengen

Generische Kompetenzen:
∙ instrumentale Kompetenzen
– Projekt- und Zeitmanagement mit digitalen Tools
– Wissenschaftlich gegliederte Dokumentation
∙ systemische Kompetenzen
– Teamarbeit und Teamfähigkeit
– Selbständiges Lernen und Arbeiten
∙ kommunikative Kompetenzen
– Präsentation wissenschaftlicher Ergebnisse
– Vermittlung der in der Bioinformatik angewandten englischen Fachbegriffe
– Rhetorik und sprachliche Kompetenz (deutsch / englisch)

INHALT

Die Bioinformatik wendet naturgemäß Informatik-Methoden auf die Daten eines lebenswissenschaftlichen
Anwendungsfaches an, stellt also per se angewandte Digitalisierung dar. Das
Praktikum vermittelt Grundlagen der Programmierung mit Bezug zu lebenswissenschaftlichen
Anwendungen mit großen Datenmengen. Dies geschieht anhand aktueller Beispiele aus
den Themengebieten Bildverarbeitung und Sequenzanalyse. Nach einer kurzen Einführung
(Präsenztreffen) in Programmierung und Entwicklungsumgebungen (z. B. Java, R, C++,
eclipse, RStudio, Python, Matlab) werden praktische Programmieraufgaben ausgegeben und
im Laufe des Semesters bearbeitet, ggfls. mit weiteren Präsenztreffen zur Diskussion des Fortschritts.

VORAUSSETZUNGEN

praktische Programmiererfahrung in einer oder mehreren Sprachen (z. B. Java, R, Python,
Matlab)

VORAUSSETZUNGEN CREDITS

Protokoll (siehe Prüfungsformen), Bearbeitung / Dokumentation der praktischen Aufgabe,
Teilnahme an den Präsenztreffen, Abschlusspräsentation (15 min. + 5 min. Diskussion)

EMPFOHLENE VORKENNTNISSE

Vertiefungsmodul(e) aus dem Themengebiet der Bioinformatik

LITERATUR

AKTUELLE INFORMATIONEN

SONSTIGE INFORMATIONEN

Weitere Informationen unter http://www.bioinf.rub.de/msc/